Mitten im Ort, in den restaurierten Räumen des "Alten Rathauses", hat das Museum seit 1996 seinen Platz gefunden. Das Haus, 1651 als Ersatz für einen im 30jährigen Krieg zerstörten Vorgängerbau errichtet, diente einst als Bürgermeisterei, Schulhaus und Lehrerwohnung. An diese Nutzung wird auch heute in den Dauerausstellungen erinnert.

Das Museum Bischofsheim, vom Heimat- und Geschichtsverein betrieben, ist in einem historischen Gebäude untergebracht, dass den Namen Altes Rathaus trägt.

Ursächlich für den Bau des Hauses waren die Zerstörungen, die marodierende und brandschatzende Truppen im Laufe des 30jährigen Krieges herbeiführten. Neben zahlreichen Bauernhäuser und der evangelischen Kirche, wurde auch der Vorgängerbau zerstört, ein Neubau daher erforderlich. 

Der Schultheiß, Bierbrauer und Wirt Walther Schildge stellte 1649 - ein Jahr nach dem Ende des 30jährigen Krieges - der Gemeinde eine Hofreite zur Verfügung und forderte den Gemeinderat auf, ein Rathaus zu bauen, das auch einen Raum für schulischen Unterricht beherbergen sollte. Nach der Fertigstellung des Hauses im Jahre 1652 fand dort am 1 . März desselben Jahres die erste Gemeinderatssitzung statt. Bischofsheim zählte damals 200 Einwohner. Von 1652 bis zum Jahre 1874 diente es ununterbrochen als Schul- und Rathaus, in dem zugleich der Schullehrer wohnte. 1837 wurde, aufgrund des starken Bevölkerungswachstums, eine zweite Klasse im selben Gebäude eingerichtet. Parallel dazu wurde es weiterhin als Rathaus genutzt.

Im Jahre 1874 schließlich endete nicht nur die Geschichte der evangelischen Kirchenschule auf Grund des Hessischen Schulgesetzes vom 16.6. dieses Jahres. Fortan wurde die Simultanschule als Regelschulform eingeführt und löste die Kirchen als Träger ab, der Staat hatte nunmehr die Hoheit über die Schulen. 

Sondern auch die Nutzung des Gebäudes als Schulhaus fand ein Ende. Aufgrund ständig steigender Schülerzahlen (1873 - 275 Schüler) wurde daher der Bau eines modernen Schulhauses in Angriff genommen, welches im folgenden Jahr bezogen wurde. 226 Jahre wurde das heutige Museum als Schule genutzt - daran wird heute im Museum mit einer Dauerausstellung erinnert.

Fortan wurde es weitere 74 Jahre als Rathaus genutzt, ehe das zuvor zu seiner Entlastung errichtete Schulgebäude 1948 zum Rathaus umgebaut und entsprechend genutzt wurde. 300 Jahre hatte das nunmehrige "Alte Rathaus" bislang seinen Zweck erfüllt.

"Undank der Welten Lohn" - so sollte es auch dem "Alten Rathaus" ergehen. Denn seinen ursprünglichen Bestimmungen entbunden, wurde es schnell zum Klotz am Bein der Gemeinde. Folglich verkaufte sie es für kleines Geld an den Nachbarn, den Bauern Reith. Dieser vermietete es und der Zahn der Zeit, der schon zuvor sein Werk begonnen hatte, war auch in der Folge nicht untätig und so kam es immer mehr herunter. Bis sich die Gemeinde Anfang der 90er Jahre seiner Existenz besann, es in Erbbaupacht erwarb und im Rahmen der "Einfachen Stadterneuerung" aufwändig sanierte. 1996 schließlich wurde es dem Heimat- und Geschichtsverein übergeben, der darin sein neues Domizil einrichtete und das Museum Bischofsheim im folgenden Jahr eröffnete.